障礙一是體制機制。
當前，我國科技成果轉化率不到20%，產業化不到5%，而發達國家技術轉移高達40%～50%。我國科技成果轉化的最大障礙是體制機制。
首先是產學研利益保障機制不健全。由于各類創新主體的職責和權益界定不清，對共同投入、成果分享，技術、市場、管理等風險分擔的機制不健全，缺乏法律約束，導致產學研結合難以持續。
其次是政府發揮引導與協調作用不夠。產學研結合沒有專門的促進政策，信息和中介服務體系不完善。政府在產學研結合的資源配置上缺乏明確導向，特別是在對多項技術集成創新和產業技術創新鏈的資源配置上，“貼牌”現象較多。
再次是引導產學研結合的評價激勵機制有待完善。長期以來，學術至上“一刀切”的評價標準，造成了業績考核中輕視企業服務、項目管理中輕視橫向科研的“兩個不平等”；同時，企業也缺乏合作創新意識，從而制約了產學研結合的積極性。
馬德秀建議，應適時制定我國《產學研合作促進法》，確立必要的準則，以促進產學研結合的健康、可持續發展。
障礙二是合作模式。
離子膜是我國氯堿工業和新能源汽車的核心材料，國家曾組織攻關10年都沒有獲得突破。幾十家單位松散地合作，都怕投入過多而吃虧，造成研發工作始終在實驗室兜圈子。上海交大教授張永明在學校支持下，與民營企業東岳集團組成強大的產學研聯盟，以市場為導向，完成了從實驗室研究到工程化技術的重大突破，打破了美國杜邦公司的長期壟斷。2005年作為山東省一號工程，邁出了官產學研用的重要一步，現已實現產業化并榮獲省科技發明一等獎。
“令人擔憂的是，這樣成功的例子還不多。從這個實例中我們深切感受到：產業技術創新投入高、風險大、系統性和復雜性強，要求參與單位之間形成持續穩定的合作關系。而目前‘年度性’和‘單個項目制’的產學研結合難以適應這一要求。”馬德秀說。
馬德秀建議，應從三個著力點實現產學研合作模式的突破：一要聚焦產業高端，建立共性關鍵技術重大平臺。緊緊圍繞國家重大戰略需求，成立官產學研用戰略聯盟，集中力量加強攻關，實現“抱團創新”，提升行業整體創新水平。
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